Untuk daerah yogyakarta banyak juga universitas terbaik selain universitas gajah mada ada universitas negri yogyakarta yang memiliki pringkat ke 20 di indonesia dan 2815 di dunia sekaligus termasuk best college in indonesia karena memiliki mahasiswa gemerlang yang berprestasi membuat universitas ini menjadi yang kedua di yogyakarta setelah UGM dan yang ketiga ada universitas islam indonesia yang berada di peringkat 25 di indonesia dan berada di posisi ketiga dari universitas-universitas di yogyakarta karena fasilitas yang di sediakan tidak kalah dengan fasilitas universitas berkelas tinggi di dunia.
Untuk peringkat ke empat ada universitas ahmad dahlan yang naik dari peringkat enam menuju empat menyalip amikom dan universitas muhamadiah yogyakarta dan berada di peringkat 27 dalam best university in indonesia yang kelima ada universitas muhamadiah yogyakarta yang berada di peringkat 30 di indonesia karena berkat mahasiswanya yang mengharumkan nama kampus dari perolehan paduan suara meraih emas dan perak di grand pix pattaya di thailand. Serta menciptakan laundry ramah lingkungan. Untuk peringkat ke lima di yogyyakarta ada amikom yang memperoleh sebuah masterpiece dengan filem yang mereka buat yang berjudul battle of surabaya sehingga amikom menjadi perguruan tinggi yang sangat elit di yogyakarta walopun mengalami penurunan peringkat di tahun lalu dan mempunyai perospek yang cerah untuk skolah tinggi di indonesia.
Untuk peringkat ke tujuh ada universitas islam negeri sunan kalijaga yogyakarta dan mendapat peringkat 55 dalam best college in indonesia yang tahun sebelumnya mhanya di peringkat delapan naik menjadi tujuh di tahun ini karena universitas ini tidak bisa di pandang sebelah mata karena sejarah pendidikanya yang banyak melahirkan para sarjana berkualitas juga. Di urutan ke delapan ada institut sains dan teknologi akprind yang memiliki prestasi yang menonjol sehingga cocok di sebut sebagai perguruan tinggi terbaik di yogyakarta dan meraih runner up di kontes mobil hemat energi di sirkuit kenjeran surabaya serta yang kesembilan ada universitas keristen duta wacana dan yang terakhir adalah universitas pembangunan veteran.
